Nació en Bucalemu en 1840, estudió en los Sagrados Corazones de los Padres Franceses y luego en el Seminario Conciliar, con 24 años ingresó a política cuando fue electo diputado y luego ministro de relaciones exteriores, defensa e interior durante el gobierno de Domingo Santa María.
En 1886 se presenta como candidato presidencial y en septiembre del mismo año gana las elecciones y asume el cargo en septiembre del mismo año.
Muy pronto se enfrentó al congreso que buscaba disminuir el poder del presidente mientras que Balmaceda buscaba incrementarlo. En esos años el salitre era la principal fuente de ingreso del país y Balmaceda aprovechó las riquezas de este material para impulsar un ambicioso plan de gobierno con importantes reformas en materia de obras públicas, que incluía cosas como ferrocarriles, escuelas, alcantarillados, caminos, hospitales, cárceles, etc. y mejoras al sistema de educación. También buscó terminar con el monopolio del salitre, industrializar el país para así no depender económicamente de Inglaterra y el salitre entre otras cosas. Para promocionar su plan de gobierno, realizó una serie de viajes presidenciales a través del país con los que buscaba mostrarse como un presidente con autoridad pero a la vez cercano a la gente.
En 1991 los problemas con el congreso están en su punto más alto y la crisis estalla cuando los congresistas se niega a aprobar el presupuesto de ese año, Balmaceda en respuesta, aprueba de facto el presupuesto del año anterior, cierra el congreso y se declara como única autoridad. La guerra explota cuando el 7 de enero la escuadra (la armada de chile durante el siglo XIX) apoyada por las fuerzas congresistas se sublevan, mientras que el ejército regular se mantiene leal al presidente.
Cuando las fuerzas del presidente fueron derrotadas en la batalla de placilla, Balmaceda abandonó secretamente el Palacio de la Moneda para ir a refugiarse en la embajada argentina donde estuvo 20 días en los cuales redactó su testamento político y escribió cartas a su familia. El 19 de septiembre, al otro día de cumplir su mandato presidencial, José Manuel Balmaceda se suicidó con un disparo en la sien.
Con el triunfo del congreso en la guerra civil se da inicio en Chile al régimen parlamentario que duraría hasta 1925.