Nació el 12 de julio de 1824 en Honfleur, Normandía, como hijo de un marinero. trabajó como ayudante a bordo de los viajes entre le Havre y Honfleur. En 1835 se instaló con su familia en Le Havre y ahí Eugène comenzó a trabajar en una imprenta. Un día pasó por su ciudad Jean-Feançois Millet (pintor realista), quien le enseñó a Boudin sus primeros dibujos. Esto motivó a Eugène a tomar clases de arte y conseguir una beca de estudios del ayuntamiento.
Empieza a pintar paisajes y bodegones en Le Havre y Honfleur y en 1859 debuta oficialmente. En 1857 conoce al destacado Claude Monet y trabajaron juntos por varios meses. Junto a Monet y sus amigos hicieron la primera muestra impresionista en 1874, sin embargo Eugène nunca se consideró a sí mismo como un innovador.
Continuó exhibiendo sus obras en los salones parisinos y recibió una medalla por el tercer lugar en el salón de París de 1881 y una medalla de oro en la Exposition Universelle de 1889. En 1892 fue nombrado caballero de la Légion d’honneur.
Eugène Boudin falleció en su casa de Deauville el 8 de agosto de 1898.
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